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於台灣日治時期，日本人已經在該島上設置「火燒島浮浪人收容所」。綠島舊名為火燒島，據說黃昏時分，從外海遠眺這座島嶼時，有如火燒。當時日本人囚禁的所謂浮浪人，其實大多為黑道分子。選擇此島的原因是四面環海，犯人脫逃困難。1951年，台灣省警備總司令部在綠島成立「新生訓導處」，將火燒島浮浪人收容所轉型為監獄，專門用作監管、囚禁異見者和政治犯等 。1970年2月8日泰源事件後，當局在綠島新生訓導處舊址西側興建國防部綠島感訓監獄，稱「綠洲山莊」，復於1972年將泰源監獄和各地軍事監獄的政治犯集中送到綠島監禁，轉型為重刑犯和幫派份子的收容所。1999年3月29日，行政院核定將綠洲山莊規劃成立史蹟館或紀念館，現該設施則作為白色恐怖綠島紀念園區開放參觀。
目前位於中寮村的矯正署綠島監獄依舊持續收容臺灣各監獄難以管教之罪犯。2021年3月1日起，依「法務部指定各監獄收容受刑人類別、容額、指揮執行基準表」，收容對象改以重刑及普通犯男性收容人為主。